基本遊戲系統
遊戲本身已設立原創故事，所以玩家不會根據GUNDAM的故事進行，而是依照遊戲的故事安排進行，合共45關。玩家可以室作戰室內為自己隊伍進行各種設定，包括強化機體、編隊和開發新機體等等。而由於這個作品跟過往《G-GEN》系統有些不同的關係，所以不能跟過往和現在的遊戲系統比較，詳細參考以下解說。
各距離相性
機體所使用的攻擊距離將設有相性，換句話說，只要向相剋的距離攻擊，就可以得到更多的傷害。「近距離武器」--＞「遠距離武器」--＞「中距離武器」--＞「近距離武器」。
隊伍
玩家必須在作戰室中進行編隊，一隊最多可放四個機體，而配置機體的位置和順序都可以由玩家自行決定。在戰鬥時玩家亦可讓個別機體離開編隊，作個別的行動。
CROSS DRIVE
「CROSS DRIVE」是本作的主系統。在隊伍中配給適當的角色和機體，在SP值到達一定程度便可發動強力的「CROSS DRIVE」攻擊。當使用這種攻擊時，是需要消耗SP值。
ID
等同於《超級機械人大戰》的精神指令，不同的角色有不同的效果，可以為戰況帶來優勢，同樣需要消耗SP值來使用。
增加SP的方法
隨著跟敵人戰鬥便可以增加SP，無論是否有打倒敵人，只要有參與戰鬥便會自動增加。
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