DS版變更點
「流星之洛克人」登場
在DS版的故事中，「流星之洛克人」會追加在內，玩家可以操作「流星之洛克人」戰鬥，甚至可以作為戰鬥晶片「SS 洛克人」使用。
新BOSS「CLOCKMAN（クロックマン）」
在由「流星之洛克人」的世界來到EXE的世界之時間狹逢設定中會出現新BOSS「CLOCKMAN」，跟其他BOSS一樣，與他對決，就可以得到他的戰鬥晶片。
追加新戰鬥晶片
DS版追加多張新的戰鬥晶片。
「ＳＳロックマン Ｓ」
「クロックマン Ｃ」
「クロックマンＶ2 Ｃ」
「クロックマンＶ3 Ｃ」
Code C的晶片較為易取得，種類也十分多、放在一起會較易使用。
戰鬥晶片變更
為了改善平衡，DS版一部戰鬥晶片的性能變更，Code也有修改和追加。主要更變點如下：
・ガッツパンチ的攻撃力：６０→１６０
・ブレイクハンマー的攻撃力：１００→２２０。
・ポイズンアヌビス的攻撃速度減少
・エリアスチールが敵Area最奥部份不會被奪
領航員晶片Code改變
DS版
・スカルマン：コード「Ｄ」
・シャドーマン：コード「Ｔ」
追加「＊」Code
一部戰鬥晶片追加「＊」Code。
FOLDER編成規則
GBA版（変更前）→DS版（変更後）
相同晶片10張→相同晶片5張
相同領航員晶片5張→相同領航員晶片1張
追加音聲
熱斗、ROCKMAN、流星之ROCKMANA在以下的情況下追加音聲。
TITTLE GOAL
戰鬥開始時、戰鬥中各種動作時、戰鬥終了後，按Ｌ鍵時的會話、應答
R鍵Plug-in的聲音
BOSS戰鬥開始時
AREA名更清晰
現實世界、電腦世界的AREA名會表明。。
改良MENU畫面
變得更易使用，在FOLDER編集畫面按SELECT鍵，可以把FOLDER內的晶片全部匯入。
角色樣貌ICON變更
熱斗、ロックマン、メイル、ロール、デカオ、やいと、炎山、ブルース的樣貌ICON變更，及廢除ARMOR系裝備。
在GBA版存在的「ヒートアーマー」、「アクアアーマー」和「ウッドアーマー」在DS版會取消。
B鍵DASH廢止
在FIELD中移動時按十字鍵就可以走動，跟「流星」系列相同。
LAST BOSS前記錄
最後BOSS前將會強制SAVE。
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